Brussels Airlines fue crada por la fusión de SN Brussels Airlines (SNBA) y Virgin Express. El 12 de abril de 2005, SN Airholding, la compañía detrás de SNBA firmó un acuerdo con Richard Branson, otorgándole el control de Virgin Express. El 31 de marzo de 2006, SNBA y Virgin Express anunciaron su fusión en una única compañía. El 7 de noviembre de 2006, el nuevo nombre, Brussels Airlines, fue anunciado en una conferencia de prensa en el Aeropuerto de Bruselas-Zaventem. Brussels Airlines inició sus operaciones el 25 de marzo de 2007.
La aerolínea espera acaparar al menos el 55 % del mercado del Aeropuerto de Bruselas-Zaventem. Brussels Airlines sumará destinos de largo alcance, especialmente a Norteamérica, e intentará reforzar su posicionamiento de la aerolínea en África. La aerolínea también anunció que planea expandir su flota de largo alcance, el cual hasta el momento consta de tres Airbus A330-300. En enero de 2007, la compañía anunció que había adquirido un cuarto Airbus A330-300, procedente de la liquidada compañía Air Madrid.
